Pada awalnya berdiri dengan nama “Proyek UKM CENTER FEUI”, dipimpin oleh Dr. Ir. Nining I. Soesilo MA. UKM Center FEUI tepat didirikan pada tanggal 20 Mei 2005 oleh Dekan Fakultas Ekonomi FEUI, berdasarkan SK Dekan No. KPTS/229/D/2005. Hingga pada tanggal 17 September 2005 diumumkan secara resmi seiring HUT FEUI ke-60 pada rangkaian acara Lustrum FE UI yang ke-55.  Sejak 2010, pengangkatan Kepala UKM center FEUI langsung dilakukan oleh Rektor UI. Hingga saat ini UKM Center FEUI sudah Mengalami pergantian pimpinan sebanyak 3 kali, dari Ibu Dr. Ir. Nining I. Soesilo MA, kemudian dilanjutkan oleh Ibu Hilda Fachriza, SE, MM. dan saat ini adalah Bapak Sisdjiatmo Kusumosuwidho Widhaningrat SE. M.Sc. 

Berpijak pada Tri Dharma Perguruan Tinggi, FEUI mendirikan Pusat Usaha Kecil dan Mikro Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia terutama untuk pengabdian masyarakat Sekaligus sebagai wujud kepedulian Fakultas Ekonomi UI dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi yaitu Pengabdian kepada masyarakat, sehingga dianggap perlu mengembangkan program pengabdian masyarakat dalam usaha skala kecil hingga mikro. Kelak diharapkan menjadi besar dan mandiri.

Alasan didirikannya UKM CENTER FEUI adalah dilatar belakangi oleh, PBB yang telah mendeklarasikan tahun 2005 sebagai Tahun Internasional dari Kredit Mikro untuk mempromosikan bisnis kecil dan institusi keuangan yang menyediakan pinjaman yang disebut microfinance. Selain itu ikut sertanya dalam pemilihan Global Micro Finance Award tahun 2004. Usaha kecil dan mikro terbukti merupakan usaha yang tangguh terutama dalam krisis moneter dan ekonomi dan pengentasan kemiskinan. Fakultas Ekonomi dan Bisnis UI selama ini dikenal dengan kiprahnya yang berorientasi makro dan usaha skala besar, sehingga perlu dibuat unit yang berorientasi pada pengembangan ekonomi rakyat untuk menghapus pandangan masyarakat tersebut.